Током историје, тврђава је више пута рушена, обнављана и обнављана тако да носи трагове готово свих историјских епоха када су Охридом владали Римљани, Византинци, Словени и Османлије. Међутим, верује се да већина зидина цитаделе и подграђа, заједно са очуваним кулама, датира из времена цара Самуила, од 976. до 1014. године, а потом од његових наследника до 1018. године, када је Охрид био престоница прва држава македонских Словена, због чега је данас тврђава позната као „Самоилова тврђава“. После потпуног пропасти овог царства и поновног пада под власт Византије, цар Василије ИИ је потпуно разорио тврђаву. Касније га је вероватно обновио византијски цар Алексије И Комнин, а у другој половини 14. века, за време владавине великог жупана Андреа Гропе са Охридском области, између 1371. и 1385. године, цитадела је поново подигнута.
Поред основне функције одбране од непријатеља, тврђава је служила и као резиденција. Његов централни део, односно цитадела, зидом је подељен на два дела, од којих је у једном био смештен владар, а у другом војници. Са спољне стране, зид овог простора је утврђен низом кула од којих је највећа и најјача смештена на најслабијем месту тврђаве, а импозантан је и улаз у цитаделу који је утврђен са две полукружне одбрамбене куле. У град се улазило кроз троје капије: Горња Порта, код цркве Св. Богородица Перивлепта и античко позориште, Челна Порта, при садашњој цркви Св. Богородица Челница и Долна Порта, која се налази педесетак метара од обале Охридског језера, у близини цркве Св. Никола Болничкики. Од свих њих у потпуности је сачувана само Горња капија у којој су као грађевински материјал коришћени мермерни надгробни споменици са грчким и римским натписима и другим елементима који потичу из античких грађевина у граду.
