Низ историјата тврдината била многу пати уривана, преградувана и доградувана така што таа носи белези од речиси сите историски епохи кога со Охрид господареле римјаните, византијците, словените и османлиите. Меѓутоа, се смета дека најголемиот дел од ѕидовите на цитаделата и подградието, заедно со зачуваните кули, датираат од времето на царот Самоил, од 976 до 1014, а потоа и на неговите наследници до 1018 година, кога Охрид бил престолнина на првата држава на македонските словени, заради што денес тврдината е позната како “Самоилова крепост”. По целосната пропаст на ова царство и повторното потпаѓање под византиска власт, императорот Василиј II целосно ја разурнал тврдината. Подоцна, веројатно византискиот цар Алексиј I Комнен повторно ја обновил, а и во втората половина на XIV век, во времето на владеењето на големиот жупан Андреа Гропа со охридскиот крај, помеѓу 1371 и 1385 година, цитаделата била повторно обновена.
Покрај основната функција за одбрана од непријателите, тврдината служела и за живеење. Нејзиниот централен дел или цитаделата, е поделен со еден ѕид на два дела од кои во едниот живеел владетелот, а во другиот биле сместени војниците. Од надворешната страна ѕидот на овој простор е зајакнат со ред кули од кои најголемата и најјаката е поставена на најслабата точка на тврдината, а импозантен е и влезот во цитаделата што е утврден со две полукружни одбранбени кули.Во градот се влегувало низ три порти: Горна Порта, во непосредна близина на црквата Св. Богородица Перивлепта и античкиот театар, Челна Порта, кај денешната црква Св. Богородица Челница и Долна Порта, што се наоѓа на педесетина метри од брегот на Охридското Езеро, во близина на црквата Св. Никола Болнички. Од сите нив во целост е зачувана само Горна Порта во која како градежен материјал се употребени мермерни надгробни споменици со грчки и римски натписи и други елементи кои потекнуваат од античките градби во градот.
